Что побудило выходца из Бессарабии отправиться в далекую Азию, остается неясным. Возможно, как предполагает исследовательница Елизавета Гневушева, на него произвели впечатление рассказы о путешествиях Николая Миклухо-Маклая и его планах по устройству русской колонии в Тихом океане. В газетах тогда широко обсуждались удивительные способности русского ученого производить впечатление на папуасов, которые считали его сверхъестественным существом.
В 1891 году, когда Малыгину было 26 лет, он на торговом судне отправляется в Сингапур — богатейшую британскую колонию. О себе он рассказывал, что «искал счастья в Китае, но оно обошло его стороной», и приехал в Сингапур, чтобы поступить на работу в какую-нибудь богатую фирму, добывающую нефть.
Там судьба свела Малыгина с загадочным персонажем по имени Крегли — метисом, у которого мать была яванкой, а отец англичанином. В голландских архивах Крегли упоминается как надежный осведомитель колониальных властей, что делает его роль в судьбе русского инженера весьма двусмысленной. Крегли сразу почувствовал, насколько непрост этот русский — «простой горный инженер» великолепно владел английским, китайским и голландским языками. И решил, что на информации о нем можно будет подзаработать.
Именно Крегли уговорил Малыгина отправиться с ним на Бали, где якобы без особых хлопот можно было получить горную концессию. Малыгин обрадовался такому предложению, не подозревая, что попадает в искусно расставленные сети колониальной разведки.