В 2018 году «Медуза» отметилась скандалом. В октябре на вечеринке в честь дня рождения издания Колпаков, будучи пьяным, начал приставать к жене веб-разработчика издания Никиты Комаркова. Главного редактора обвинили в харассменте. Через несколько дней он
попросил отстранить его от должности до того, как редакция разберется в ситуации.
В начале ноября прошел экстренный совет директоров. По его итогам решили, что поведение главного редактора неприемлемо, но «это разовый инцидент». В результате снимать Колпакова с должности не стали. При этом Тимченко
написала у себя в фейсбуке, что муж девушки, к которой приставал главред «Медузы», уволился за неделю до совета директоров (позже она удалила свое сообщение).
То, что после скандала Колпаков остался на своем посту, критиковали его
коллеги и многие
читатели. 9 ноября Колпаков
заявил, что все-таки покидает издание. Но уже в марте 2019 года его снова
назначили главным редактором.
После этой истории из «Медузы» стали увольняться сотрудники. Одним из первых ее
покинул издатель Илья Красильщик. Позже ушли редактор отдела спецкоров и музыкальный редактор Александр Горбачев, спецкоры Андрей Козенко, Евгений Берг, Полина Еременко и Таисия Бекбулатова, редактор раздела «Игры» Екатерина Кронгауз.
Летом 2019 года по подозрению в распространении наркотиков в Москве задержали специального корреспондента «Медузы» Иван Голунов. Позднее выяснилось, что их ему подкинули. В защиту журналиста
начались одиночные пикеты. А печатные версии «Ведомостей», РБК и «Коммерсанта» впервые в истории
вышли с одинаковыми первыми полосами: «Я/Мы Иван Голунов». На фоне общественного резонанса через несколько дней с Голунова
сняли все обвинения и выпустили на свободу.
Полицейских, которые задерживали журналиста, временно отстранили от работы, а 13 июня Владимир Путин
подписал указ об увольнении двух генерал-майоров. Также МВД начало внутреннее расследование для оценки действий полицейских.
Несмотря на это, виновные в незаконном задержании Голунова до сих пор не наказаны. В ноябре 2019 года следствие
заявило, что засекретило материалы дела, потому что «много документов находятся под грифом „секретно“».
К декабрю 2019 года «Медузу»
посещают больше 25 млн человек в месяц. Издание стабильно
сохраняет лидерство по цитируемости в соцсетях (больше одного миллиона упоминаний на сентябрь 2019 года).